Estudió Artes Visuales en la Escuela Nacional de Artes Plásticas de la UNAM. Fue cofundadora de SEMEFO (Servicio Médico Forense), un colectivo que estuvo activo en la década de 1990 y cuya práctica abordó materiales y contextos forenses. De manera individual, Margolles se ha interesado por temas como la violencia, la muerte y las desigualdades sociales; en sus esculturas, instalaciones y acciones, a menudo incorpora materiales orgánicos procedentes de lugares marcados por el trauma, el dolor y el duelo. Asimismo, la realidad corpórea de los materiales que utiliza expone la forma en la que la sociedad y los gobiernos toleran o ignoran la violencia y la desigualdad generalizadas. En 2009, fue representate del Pabellón de México en la 53 Bienal de Venecia. Además, su trabajo se ha presentado en Documenta 14 (2007), el Musée d’Art Contemporain de Montreal, el Musem of Conetmporary Art de Chicago, el Kunst-Werke Institute for Contemporary Art en Berlín, el Museo Tamayo y el Museo Universitario Arte Contemporáneo (MUAC). Entre las distinciones que ha obtenido destacan el Premio Príncipe Claus de Holanda (2012) y el Premio Artes Mundi 5. Su obra forma parte de las colecciones del Museum of Modern Art (MoMA), Tate Modern, Centro Pompidou, Museo Reino Sofía, Museo Universitario Arte Contemporáneo, Museo Tamayo, entre otras.
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